Określenie trybu "berserk" w jaki wpadają Evangeliony zostało zainspirowane terminem wywodzącym się z mitologii ludów skandynawskich, odnoszącym się do wojownika ogarniętego demonem walki, odpornego dzieki temu na ból i znacznie sprawniejszego.
Wygląd Evangelionów oparty jest w szczegółach na wyglądzie tzw. Baronów Piekieł, opisanym w starożytnym, bestiariszu mającym za zadanie skatalagować wszystkie anioły i demony.
Znajdująca się w Central Dogma Lilith została zainspirowana przez źródła judeochrześcijańskie. Według podań żydowskich Lilith była pierwszą kochanką Adama a następnie Szatana, która spłodziła liczne demony oraz ludzi - którzy jako jej dzieci określani są Lilimami. Również w serii Kaworu używa na określenie ludzkości terminu "Lilim" a z Lilith miał zostać tam zrodzony cały rodzaj ludzki. Także podobnie jak w judaiźmie w anime jest ona "źródłem życia". W związku z nią nasuwają się również skojarzenia z Chrystusem - podobnie jak On zostaje ona ukrzyżowana w Central Dogma i przebita Lancą Longinusa (która według chrześcijańskich podań miała rzeczywiście posłużyć do przebicia boku Chrystusa, w późniejszych wiekach była także uważana za święty artefakt). Także maska nałożona na jej twarz i widniejący na niej symbol znajduje swoje odzwierciedlenie w Biblii. Każde z siedmiu oczu występujących na tej masce symbolizuje siedem duchów Boga - motyw ten pojawia się w Torze oraz w Apokalipsie.
Tytuł, pod jakim serię wypuszczono na rynek europejski i amerykański (Neon Genesis Evangelion) jest w języku greckim. Warto zauważyć tutaj podobieństwo do chrześcijańskiej Ewangelii nie tylko pod względem tytułu (tłm. Ewangelia Nowego Tysiąclecia) ale właśnie języka, na który, zamiast angielskiego, tytuł przełożono. W końcu Nowy Testament zachował się do naszych czasów jedynie w języku greckim. Takiego tłumaczenia zażyczyli sobie sami twórcy filmu.
Sporą część nazwisk bohaterów serii można skojarzyć z okrętami japońskiej marynarki wojennej z czasów II wojny światowej, np. Ayanami to niszczyciel klasy Fubuki a Katsuragi był lotniskowcem klasy Unryu. Dodatkowo na tym powiązania z marynarką się nie kończą: Ikari to po japońsku kotwica, Rokobungi sextant a Kaji ster.
Nazwa superkomputera MAGI pochodzi od biblijnych trzech mędrców ze wschodu, którzy złozyli pokłon Jezusowi w Betlejem, dosłownie Magów (stąd nazwa całego zespołu komputerów, natomiast od imion mędrców: Kacper, Melchior i Baltazar pochodzą nazwy poszczególnych jednostek go tworzących).
W trakcie serii Misato zmienia markę swojego ulubionego piwa z Yebisu na BOA. Wynika to z tego, iż Yebisu istnieje naprawdę, w związku z czym autorzy anime doczekali się skarg od jego dystrybutorów. W efekcie nazwa piwa została najpierw zmieniona na Yebichu a potem na BOA. W tym drugim przypadku miało to na celu coś w rodzaju antyreklamy alkoholu - otóż w pewnym starszym anime BOA było silnie uzależniającym i trującym napojem.
Większość Aniołów pojawiających się w serii posiada w swoich imionach końcówkę -el. W języku hebrajskim oznacza ona element boski.
Rozmiary Eva Unitów wynoszą około 60 - 65 metrów wysokości. Oszacowano to na podstawie rozmiarów okrętów z ósmego odcinka serii.
Hideaki Anno, na pewien czas przed powstaniem Neon Genesis Evangelion, popadł w głęboką depresję. To tłumaczy pewną "schizowatość" (jak nazywają to polscy fani) tego anime, jak choćby wszelkie rozmyślania Shinji'ego w jego własnym umyśle, bądź dylematy Rei.
"Świat alternatywny", który został przedstawiony w ostatnim odcinku (ostatnich kilka minut), był bardzo intrygujący. Na jego podstawie powstała manga "Girlfriend of Steel2" albo "Iron Maiden 2nd". Manga ta skupia się na relacji pomiędzy Shinji-Asuka i Shinji-Rei, czego zabrakło w serialu TV. Wielu fanów Neon Genesis Evangelion nie uznaje jednak "Girlfriend of Steel2" - kreska jest bowiem prawie całkowicie inna od oryginalnej.